При выборе самки-нутрии для спаривания необходимо учитывать главную цель: закрепление в будущем потомстве лучших положительных характеристик родителей и, как результат, формирование высококачественного племени нутрий.
Главное правило при этом: самка должна быть неродственной, иметь качественные наследственные характеристики, или которая может обладать хотя бы отдельными положительными качествами. Вес молодой самки должен соответствовать возрасту данной породы нутрий. Обычно вес молодой нутрии при первом спаривании должен быть не менее четырёх килограммов (взрослая 7-10кг).
Как и самцов, нужно заранее планировать и вести учёт племенных самок для выведения нутрий с лучшими качествами. При подборе нутрии для спаривания учитывается, какие характеристики требуются от нутрий для улучшения: размеры тушки, качество меха, окрас или оттенок. Качество подбора необходимо постепенно улучшать, по меньшей мере, в двух-трёх и более поколениях.
При однородном (гомогенном) методе подбора случают пару нутрий, похожих по хозяйственным признакам. Такие нутрии считаются племенным материалом для укрепления ценных характеристик у потомства с целью дальнейшего сохранения.
При ограниченных возможностях выбора, используют разнородный подбор, когда спаривают нутрий с разными положительными качествами. Например, самку одного цвета случают с самцом с хорошими качествами, но совсем другого цвета.
Зачастую получается, что в потомстве в определённой мере появятся нутрята с отцовским окрасом или примерно пополам (отца и матери) и с унаследованными ценными другими характеристиками. Но таких молодых нутрий обычно не используют для дальнейшего разведения нутрий: могут проявиться разнородные цвета (пёстрый окрас).